1986 : Le club déménage du Stade Lafayette et prend possession du Stade Charles Massot où une tribune d’une capacité de 2700 places a été inaugurée en 1983 (Le stade existait depuis 1960).
1989 : Relégation en Division 3 après 5 saisons en Division 2.
1991 : Des ennuis financiers et sportifs conduisent la section football du club à un dépôt de bilan à une rétrogradation administrative en DH à un changement de nom en Sporting Club Olympique Le Puy puis en Sporting Club Olympique Le Puy-Mons (1992). La section football se détache du club omnisports.
1994 : Deux ans plus tard, les sections de football du SCO Le Puy-Mons et du Val Vert Sports fusionnent, avec pour nouveau titre l’Union sportive de football du Puy-en-Velay (USF Le Puy). Sous cette nouvelle appellation, le club parvient a accéder par deux fois en CFA 2, l’équivalent de la cinquième division nationale (1998 et 2004).
2006 : La section féminine de l’Entente Saint-Maurice-Yssingeaux intègre l’USF Le Puy, donnant naissance à pôle féminin conséquent au Puy-en-Velay.
2009 : L’USF fusionne avec l’AS Taulhac pour donner naissance au Puy Foot 43 Auvergne.
2010 : Accession en CFA 2 (cinquième division).
2015 : Accession en CFA (quatrième division).
2019 : Le Puy accède au championnat de National mais n’y restera qu’une seule saison. En raison de la pandémie de COVID-19, les championnats nationaux sont arrêtés après 25 journées, les quatre derniers du classement sont relégués, dont Le Puy Foot. Les féminines accèdent quant à elles en Division 2. Dans le même temps, la tribune du Stade Charles Massot a été totalement rénovée avec l’ajout notamment d’un Salon VIP. La capacité du stade passe à 2200 places assises.
2020 : Pour la première fois, Le Puy élimine une équipe professionnelle en Coupe de France. Le FC Lorient (Ligue 1), s’incline 1-0 au Stade Massot grâce à un but de Lenny Joseph. Le Puy Foot est éliminé de la compétition au tour suivant, défaite 4-0 sur la pelouse de Rumilly-Vallières (N2 également).
2022 : Le Puy Foot remonte en National ! Après un finale à distance avec Bergerac, les ponots obtiennent leur ticket pour la troisième division française à la dernière seconde de jeu de la dernière journée où Mamadou Ndiaye, sur pénalty, permet à son équipe de s’imposer 2-1 au stade Massot face à Colomiers. Là encore, Le Puy ne parviendra pas à se maintenir en troisième division sous la houlette de Roland Vieira. Seul point positif, l’élimination de l’OGC Nice (L1) au Stade Massot en 32èmes de finale de Coupe de France (victoire 1-0, but de Mohamed Ben Fredj). Au tour suivant, Le Puy sort aux tirs au buts face à Vierzon (N2). À l’issue de la saison, le club est relégué en N2 et le technicien Ponot quitte le club après 10 ans de bons et loyaux services. La même année, les féminines sont reléguées en Division 3.